Kích thước khoang củaCyclodextrincác phân tử có thể khớp với các phân tử khách và các nhóm hydroxyl ở rìa khoang có thể hình thành liên kết hydro với các phân tử khách. Bản chất kỵ nước của bên trong cho phép nó bao bọc các phân tử ưa mỡ. Do đó, nó có khả năng nhận biết và tương tác có chọn lọc với các phân tử hữu cơ. Nó đã được áp dụng thành công trong các phương pháp sắc ký và điện di khác nhau để tách các chất đồng phân và chất đồng phân đối ảnh khác nhau.
Nhiều loại thuốc hoặc tiền chất của chúng có ít nhất một trung tâm trị liệu và thường một chất đối hình hoạt động trong khi chất kia không hoạt động hoặc thậm chí độc hại. Việc sử dụng polyme cyclodextrin hoặc cyclodextrin cải thiện công nghệ tách các chất đồng phân đối ảnh, đặc biệt là với cyclodextrin biến đổi phân tử bất đối. Ví dụ, Tang Kuowen và cộng sự. sử dụng-cyclodextrinpolyme làm pha tĩnh, polydimethylsiloxane làm chất pha loãng và sắc ký khí để tách các đồng phân vị trí và đồng phân bất đối của một loạt các hợp chất thơm. Kết quả thực nghiệm chỉ ra rằng cyclodextrin này thể hiện khả năng nhận dạng bất đối mạnh, đặc biệt thể hiện khả năng phân tách đáng kể đối với các chất đồng phân đối ảnh của anken, xeton, este, v.v..
